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分子微生物实验室可以说是实验室建设中的特殊实验室，针对分子微生物实验室设计规划布局是有行业标准的，需要严格按照《微生物和生物安全通用准则来进行建设规划》分子微生物学实验室所接触的有害微生物，通常将微生物实验室划分成清洁区、半污染区、污染区。在污染区应使用生物安全柜，以保护工作人员的健康。现代微生物学实验室还必须具备有空气调节和过滤的设备。
微生物实验室顾名思义就是用于检测微生物的实验室，主要是对微生物的分离、培养、育种、鉴别、形态、变异、利用、危害等方面进行实验和研究。适用于食品、医疗、化妆品、农产品、一次性产品以及工业产品等行业。
微生物实验室的平面布局
微生物实验室应设置成独立的区域，与其他实验室分开，门口应设有门禁，非相关人员不可进入，各室根据工作内容合理布局，既方便工作又互不影响。
1. 准备室
准备室用于配备培养基和样品处理等。主要配置有实验台、专柜、冰箱、电炉和电源、上下水道、加热器、蒸锅，洗刷器皿、洗刷用剂等。
2. 普通实验室
普通实验室用于微生物的观察、计数和生理生化测定工作。普通实验室的布局由建设方实际工作需求而定，一般配置以显微镜、实验台、试剂柜等。
3. 灭菌室
灭菌室用于培养基和各种器具的灭菌。主要配置有高压蒸汽灭菌器、烘箱等。
4. 恒温培养室
⑴ 培养室设计：培养室应有内、外两间，内室是培养室，外室是缓冲室；内外室的室中央都要安装紫外线灯，用以灭菌；安装恒温恒湿机，维持室内温湿度需求；内外室的隔墙上方要设置带空气过滤装置的通风口。
⑵ 培养室设备用具：内室配备培养架和摇瓶机（摇床）；外室配备专用工作服全套装备、手持喷雾器、5%石炭酸溶液、70%酒精棉球等。
5. 无菌室
菌种的接种移植、纯化在微生物实验中是一项重要操作，无菌室正是为保证菌种纯种、防止杂菌的污染而设置的。
⑴无菌室应有内、外两间，内间无菌室，外间缓冲室。内外间容积宜小不宜大，以便于空气灭菌。
⑵ 应在内间入口处的上方设置通气窗，有条件的也可安装恒温恒湿机。通气窗最好为双层结构，外层为百叶窗，内层可用抽板式窗扇。
⑶内外间的隔墙上可安装传递窗，以减少人员进出、降低污染。
相关规范:
1、《洁净室施工及验收规范》(GB 50591-2010)。
2、《实验室生物安全通用要求》(GB 19489-2008)。
3、《临床实验室设计总则》(GB/T 20469-2006)。
4、《建筑设计防火规范》(GB50016-2006)。
5、《生物安全实验室建筑技术规范》(GB 50346-2004)。
6、《采暖通风与空气调节设计规范》(GB 50019-2003)。
7、《通风与空调工程施工质量验收规范》(GB 50243-2002)。
8、《微生物和生物医学实验室生物安全通用准则》(WS 233-2002)。
9、《医药工业洁净厂房设计规范》（1997年）。
10、《消毒管理办法》（卫生部1992）。
相关参数:
⑴红外室 温度10-30℃，湿度35-60%
⑵ 水分室 温度10-30℃，湿度35-65%
⑶ 留样室 温度10-25℃，湿度35-70%
⑷ 试剂室 温度10-30℃，湿度35-80%
⑸天平室 温度10-30℃，湿度35-80%
⑹中心实验室 温度10-30℃，湿度35-80%
⑺ 样品存放室 温度10-30℃，湿度35-80%